产业集群的转型是指在一定经济发展、科技进步和资源禀赋前提下，通过有针对性的政策措施，对当下资源存量、产业结构等方面进行直接或间接的调整或再分配。进一步说，就是将资本、劳动力、土地等各种生产要素从传统或衰退产业向新兴产业过渡转移。在原集群中，通过电商技能培训、成功案例引导、政策支持等措施，可以引导传统商贸流通企业由传统线下销售模式转型到网络销售模式。企业转型得越成功就越可以促进传统农业产业集群中产业结构调整、生产要素再分配，达到生产效率提高、竞争力提升的目的，并实现产业集群的转型。
产业集群的升级主要涉及到以下四个维度：产品升级、流程升级、功能升级、跨部门升级。产品升级是指引进经济效益更好的新产品或老产品质量显著提升；流程升级是指应用新的生产技术或重组生产体系，使集群内部运作（或整个生产过程）效率提升，从而投入产出比更低；功能升级是指价值链原有的低附加值部分转向高附加值部分，调高了产品的附加值，创造了更高的利润；跨部门升级是指从原行业部门跳转向一个全新的行业部门。与工业产业集群相比，农业产业集群很难放弃原有的产业基础和优势而转入其他行业实现产业集群升级。所以，“跨部门升级”将不纳入农业产业集群的升级维度中。
电子商务就是为了借助信息技术与互联网而开展的商业活动——商流，物流、信息流、资金流凭借网络平台进行流转，达到商业目的，它的实质是货物与劳务交易的通道和流程，它集中表现为企业依靠互联网、移动互联网而开展的一种新形式、新模式商业活动。电子商务轻资产、低门槛的特点有利于其在农村发展。农业产业基础为电商的运营发展奠定了良好的基础，熟人社会又可以有效促进集群内部知识溢出和传播效应。电商案例越多越成功，其技能和知识传播得就越快，电商连片发展的速度就越快，从而快速营造出互联网创新创业氛围，新的需求市场、新的竞争环境、新的供应网络、新的服务体系等新要素就会涌现。新的需求市场是指电商足不出户就可以拓宽市场，减少农产品销售和物流中转等中间环节。新的竞争环境指电商能够打破地域和市场准入门槛限制，网络市场中营销策略更加多样化，竞争也更为激烈，集群内部竞争意识也提高了。而新的供应网络是指集群内部能够放眼整个网络市场，不再单纯地加工或销售初级农产品，农产品品类和质量得到提升，农产品附加值会更高，供应网络上的产品更加多元化。
在电商的作用下，集群中会不断加入与电商密切关联的新生产要素和新生产条件，新、老不断进行融合、替代，并架构出一组新的生产函数，最终实现产业集群的升级。一是资源利用率提高。受互联网市场的影响，原有供应链上的生产方（农户、合作社等种植户）会根据市场行情不断优化种植结构、扩大优质农产品种植规模。集群内的企业会研发高附加值产品，延伸了农业产业发展链条，促进了三产融合发展，农产品加工产业得到提档升级。二是本地企业家才能提升。电商的发展离不开本地优秀的企业家和个体从业者。他（她）们在集群中汲取了更多的知识、技能，提高了自己的综合素质，起到了先锋模范作用，让互联网创新创业氛围更加浓厚，也成为带动电商扶贫、脱贫致富的主力军。三是政府对产业扶持的调整。电商的快速发展促使当地政府转变意识，政府会出台各种政策和措施鼓励发展电子商务，并不断通过提升电商物流基础设施建设、整合电商产业园区、鼓励人才培训、发放各类补贴等具体措施来促进产业聚集环境的提档升级。